Selama masa transisi pemerintahan, Kota Lhokseumawe dipimpin oleh beberapa Penjabat (Pj.) Wali Kota yang ditugaskan untuk memastikan roda pemerintahan tetap berjalan stabil.

Penjabat pertama pada periode ini adalah Rachmatsyah, seorang pejabat non-partai yang mengemban tugas mulai 2 November 2001 hingga 28 Agustus 2004, dengan masa jabatan selama 2 tahun 300 hari. Beliau memimpin pada masa awal pembentukan sistem pemerintahan kota.

Setelah masa tugas tersebut berakhir, kepemimpinan dilanjutkan oleh Marzuki Amin, juga berasal dari unsur non-partai. Ia menjabat mulai 28 Agustus 2004 hingga 29 Maret 2006, dengan durasi jabatan 1 tahun 244 hari. Masa kepemimpinannya berperan menjaga kelanjutan administrasi dan pelayanan publik.

Selanjutnya, jabatan Penjabat kembali dipegang oleh Rachmatsyah untuk kedua kalinya. Pada periode kedua ini, ia bertugas mulai 29 Maret 2006 hingga 5 Maret 2007, dengan lama masa jabatan 342 hari. Penunjukan kembali ini menunjukkan kepercayaan pemerintah terhadap kapabilitasnya dalam memimpin kota di masa transisi.

Ketiga masa jabatan ini secara keseluruhan merupakan periode transisi, sebelum kepemimpinan definitif ditetapkan.